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Um 940 erhielten die Grafen von Schweinfurt (Babenberger) den Nordgau und errichteten eine Reihe von Burgen, darunter auch Ammerthal.

Markgraf Heinrich hatte sich 1002 erfolgreich für die Wahl des bayerischen Herzogs Heinrich zum deutschen König eingesetzt und selbst Hoffnungen auf das Herzogtum Bayern gehegt. Als sich diese nicht erfüllten, empörte er sich gegen seinen Herrn und verband sich mit dem Polenherzog Boleslav. Einer seiner Gefolgsleute überfiel den kaiserlichen Zug bei Happurg, raubte das Gepäck und Silbergeschirr des Kaisers und brachte die Beute nach Ammerthal. Das Strafgericht folgte bald: von drei Heerhaufen des Kaisers eingeschlossen, musste sich die Burg ergeben und wurde zerstört.  

Den Ausgrabungen zufolge wurden die Langhauswände der Burgkapelle des 10. Jahrhunderts in die jetzige Liebfrauenkirche eingebaut. Von der Ruine selbst, sind nur noch wenige Reste erhalten.